All'interno della Bujinkan abbiamo lo studio di 9 antiche scuole. Questi ryu sono di Ninjutsu, e tradizionali koryu (antiche vie marziali).

Masaaki Hatsumi, l'attuale Soke (Gran maestro), ha ereditato l'autorità e il titolo di capo scuola di queste nove antiche tradizioni marziali dal suo maestro Toshitsugu Takamatsu.

Le 9 scuole sono:

1. Gikan Ryu - Koppo Jutsu
2. Gyokko Ryu - Kosshi Jutsu
3. Gyokushin Ryu - Ninpo Tai Jutsu
4. Koto Ryu - Koppo Jutsu
5. Kukishinden Ryu - Happo Biken
6. Kumogakure Ryu - Ninpo Tai Jutsu
7. Shindenfudo Ryu - Daken Tai Jutsu
8. Takagi Yoshin Ryu - Ju Tai Jutsu
9. Togakure Ryu - Ninpo Tai Jutsu