I gradi nella Bujinkan Dojo sono divisi in KYU e DAN. Un praticante nella Bujinkan di solito inizia con Mukyu ed una cintura bianca prima di salire i gradi Kyu. I praticanti con il grado Kyu indossano una cintura verde su uniforme nero, mentre i praticanti con il grado Dan indossano una cintura nera su uniforme nero. Il sistema di gradi Dan proviene dal Ten-Chi-Jin Ryaku No Maki dove viene indicato:

1 - 5 Dan: Ten
6 - 10 Dan: Chi
Livelli Judan: Jin

Il 5° Dan richiede il Sakki test, e può solo essere svolto in Giappone, in presenza del Soke.

In aggiunta alla cintura, uno stemma con il simbolo della Bujinkan e delle stelle sono utilizzate per determinare il grado del praticante.